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A verificação do sistema de arquivos não tem nada a ver com a verificação de setores "defeituosos". Setores "ruins" neste contexto geralmente significam setores que não podem ser lidos de maneira confiável ou que não podem ser gravados de maneira confiável. Embora uma verificação do sistema de arquivos possa certamente encontrar um setor defeituoso, pois tenta ler (e talvez escrever) blocos em todo o sistema de arquivos.
O que uma verificação do sistema de arquivos realmente faz depende de cada sistema de arquivos individual e do implementador do utilitário de verificação do sistema de arquivos. Para alguns tipos de sistemas de arquivos (por exemplo,NFSetmpfs), o conceito não tem sentido, para outros é redundante, porque o sistema de arquivos se verifica continuamente durante a operação normal, e para outros é vital verificar o sistema de arquivos de vez em quando.
Em geral, os utilitários de verificação do sistema de arquivos são projetados para verificar corrupção, inconsistências e invariantes violadas nas estruturas de dados do sistema de arquivos. Se quiser mais detalhes do que isso, você terá que perguntar sobre um tipo específico de sistema de arquivos.
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O CHKDSK faz algumas coisas nos bastidores. Eles estão representados nas diferentes fases do CHKDSK.
O NTFS tem algo chamado MFT (ou Master File Table). Este MFT é uma lista de todos os arquivos no disco rígido. Para verificar a consistência do arquivo, o CHKDSK lê a entrada MFT por entrada e, em seguida, sobe e procura o arquivo correspondente no disco rígido.
Por exemplo, o CHKDSK encontra MyPhoto1.jpg no MFT. A MFT afirma que está localizada no setor 230 e tem 30 setores. O CHKDSK então lê o setor 230 a 260 e vê que ele é de fato preenchido por dados e é um arquivo. É assim que o CHKDSK verifica a consistência do sistema de arquivos. A inconsistência dos arquivos não significa necessariamente um setor defeituoso, pode significar que o computador foi desligado durante uma gravação no disco rígido.
Com o sinalizador /r (recuperação), o CHKDSK verifica inconsistências nos arquivos e tenta repará-las. Sem esse sinalizador, o chkdsk executa uma "simulação"
Com o sinalizador /f (correção), o CHKDSK tenta reparar o setor defeituoso. Em outras palavras, ele tenta recuperar os dados do setor defeituoso e tenta reescrever nesse setor. Se o CHKDSK ler o que escreveu no setor em questão, poderá marcar os setores como reparados.