Pelo que eu sei, a GUI das distros Linux roda em um kernel não gráfico. Você pode ver o 'prompt de comando' carregando programas e dispositivos enquanto o sistema é iniciado. Além disso, você pode realizar qualquer tarefa no prompt de comando. Eu me pergunto se o MS Windows é algo assim, apenas uma GUI rodando em um sistema operacional 'central'.
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O Windows 1.x, 2.x, 3.x rodava em cima do DOS, o Windows 9x poderia ser considerado baseado em DOS, e a série NT, assim como XP, Vista, 7 e 8 têm um prompt de comando para compatibilidade, mas não não "correr em cima" de nada.
A Wikipedia tem um bom histórico: