Quando inicio o msysgit( C:\msysgit\msysgit\msys.bat
) a partir de seu diretório, ele possui outras configurações visuais, como quando inicio através de um atalho no Quick Launch.
Por que? Como posso mudá-lo?
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Clique com o botão direito no atalho de início rápido e selecione Propriedades. Você deve ser capaz de ajustar estilos visuais como fonte, layout e cores a partir daí.
Se você executar diretamente o msys.bat, ele usará os padrões definidos para o seu cmd.