Ok, acabei de notar que quando faço um brew list, o Homebrew não me lista mais o Git... Mas, quando tento, brew install gitdiz que o Git já está instalado e meu prompt está usando o Git correto (aquele instalado por Homebrew então).
Mesmo que seja um grande problema agora, ainda gostaria de saber se existe uma maneira de resolver isso.
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O Homebrew requer Git, então você teria instalado o Git de alguma outra maneira antes mesmo de instalar o Homebrew. É por isso que não aparece na lista de cervejas gerenciadas.