Fiz um pendrive bootável (Fedora) para instalar em um sistema. Gostaria de reutilizar o stick, por isso quero remover todos os vestígios do sistema em funcionamento; em particular, não tenho certeza de como redefinir o MBR para que, quando tratado como um disco, o stick não pareça inicializável.
Meu objetivo final é ter um pendrive USB em branco, não inicializável e (re) formatado em NTFS.
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Como root, executedd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=512 count=1
Em seguida, você pode adicionar uma tabela de partições ( fdisk /dev/sdXe pressionar oou usar uma das ferramentas gráficas como o gparted) e uma nova partição NTFS.
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No Fedora, instale o GParted do gerenciador de pacotes do Fedora. Desmonte a unidade USB inicializável. Abra o GParted e encontre a unidade USB na lista de unidades do menu (veja o cursor do mouse na imagem abaixo).
No menu GParted escolha:Partição->Gerenciar sinalizadores. DeGerenciar sinalizações em...desmarcar janelabota(veja a imagem abaixo).
No menu GParted selecionePartição->Formatar para-> NTFS.
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Você pode conseguir isso com uma ferramenta de sistema simples como o diskpart do Windows.
1) Abra o menu Iniciar e digite “diskpart” na caixa de execução.
2) Digite “lista de disco”. 
3) “select disk #” onde # é o número do disco do seu pendrive.
4) agora digite o comando “limpar tudo”
O comando “limpar” zera os setores do disco que contêm os dados da partição. O comando “limpar tudo” zera todos os dados do pendrive.
Agora você pode formatá-lo no menu de contexto normalmente.
(já que você mencionou NTFS, espero que você tenha acesso a um sistema Windows)
Para zerar a unidade do Linux você pode usar o dd. Para limpar um disco escrevendo zeros:
dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=4k conv=notrunc
onde /dev/sda com o seu dispositivo.
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Embora a resposta aceita funcione, é um exagero.
O MBR contém a tabela de partições, bem como o bootloader. O bootflag é outra coisa. Para inicializar a partir do USB, você precisa de um bootloader instalado e o bootflag definido em uma partição. Para usar a unidade (quer você queira ou não que ela seja inicializável), você precisa de uma tabela de partições.
Vocêpoderiabasta usar sua unidade como está, sem alterações (e daí se ela for inicializável).
Você também pode desabilitar o bootflag para torná-lo não inicializável.
Um passo adiante é remover o bootloader (os primeiros 446 bytes, IIRC) - mas não a tabela de partições. Nesse ponto, ele não é inicializável e todos os seus dados ainda estão intactos.
Concedido, você diz que deseja uma partição NTFS, e acho que podemos inferir que ela é/não era NTFS antes, então você moverá seus dados e reformatará de qualquer maneira.