Estou usando um aplicativo da web rico que substitui o menu de contexto do botão direito do navegador por um menu de opções personalizadas. Quero poder abrir um link em uma nova guia e clicar com o botão direito não funciona pelo motivo mencionado acima. CTRL+ clique também não funciona. Existe uma maneira de emitir um comando de tecla que executará algum tipo de ação em qualquer link que esteja sob o cursor?
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No caso do AutoHotkey a resposta seria não. Você não teria acesso fácil às informações subjacentes contidas na janela do navegador e não pode dizer ao mouse para clicar em algo (ou seja, automatizar uma interface existente) porque não há nada para clicar ou clicar com o botão direito/menu do aplicativo/qualquer coisa.
Você não menciona qual navegador está usando ... uma opção que você pode considerar seria o uso de um script Greasemonkey no Firefox, supondo que você possa (ou queira) usar o Firefox. Greasemonkey oferece uma maneira de modificar o conteúdo da página da web antes ou depois de carregá-la, para que você possa alterar os links dentro de um determinado contexto (nesse caso, o contexto seria URLs associados ao seu aplicativo da web rico), modificar as páginas da web que estão carregando, etc.