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Depois de muita pesquisa, encontrei este parágrafo em um documento chamado Especificação Eletromecânica da Placa PCI Express™ Revisão 1.1:
Conforme mostrado na Figura 5-1, uma saliência é definida na parte superior do invólucro do conector em um lado. Este recurso pode ser usado para facilitar a retenção do cartão. Um clipe de retenção pode ser montado em uma placa adicional e travado na saliência.
Como visto aqui
E mostrado aqui (da versão 1.0 da especificação)
Também encontrei o seguinte patente http://www.google.com/patents/US7850475
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Alguns slots os possuem, outros não.
Parece depender de onde o fabricante da placa-mãe os comprou.
Pelo que eu sei, a única razão para isso é enfraquecer ligeiramente a rigidez mecânica do plástico.
Isso torna um pouco mais fácil inserir uma placa no slot sem ter que exercer força extrema e possivelmente dobrar a placa-mãe ao fazê-lo.
Alguém sabe de outro motivo pelo qual estou muito interessado em ouvir isso também.
(Boa pergunta !)