Tenho saída VGA e HDMI na placa de vídeo e DVI e VGA na placa-mãe. Eu li que DVI é melhor que VGA, mas se não sair da placa de vídeo qual será o efeito de usá-lo em vez do VGA da placa?
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As únicas coisas que me vêm à mente são os dispositivos* que exigem um handshake HDCP; nesse caso, você será obrigado a usar uma conexão HDMI/DVI. Existem também algumas limitações na resolução e taxa de atualização que saem da sua porta VGA, mas a maior parte disso depende da placa (e provavelmente você não será afetado).
Se o seu problema é simplesmente que você não tem um monitor que aceite HDMI, considere usar um cabo HDMI para DVI, eles são relativamente baratos, a única desvantagem prática de seu uso é que você perde o canal de áudio na porta HDMI.
*Editar: Por dispositivos eu quis dizer Software.
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No que diz respeito aos sinais de vídeo subjacentes, DVI e HDMI são efetivamente a mesma coisa (o HDMI adiciona opcionalmente sinais de áudio e possui um conector pior). Adaptadores para converter um no outro são baratos e abundantes.
HDMI e DVI são padrões de conexão de vídeo digital, ao contrário do VGA, que é uma conexão analógica e começa a ficar confuso em resoluções mais altas, especialmente ao usar cabos baratos. Então, sempre que possível, a conexão digital é preferida.