Conforme exibido no MysqlSincronização de banco de dadosdocumentação.
Não consigo encontrar esta Synchronize Model with Database
janela/assistente específico emDatabase ->
Eu tenho o Mysql Workbench 6.0.9.11421 build 1170 Community Edition
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Com o seu modelo aberto (isso é necessário, pois os menus de navegação reconhecem o contexto), escolha "Sincronizar modelo" ou "Sincronizar com qualquer fonte" em "Banco de dados".