A execução do programa Java (SE) é muito lenta no Debian Wheezy... preciso "ajustar" a JVM?

Question

Superusuários.

Eu escrevi um programa desktop para executar um processo de simulação (não vale a pena copiar o código aqui... é um programa bastante longo). Se eu executá-lo em um MacBook Pro (Intel Core i7 2,2 GHz, 4 GB de RAM), levará cerca de uma hora para ser concluído. No entanto, quando executo exatamente o mesmo programa em meu desktop Debian Linux (Intel Core i7, 3,4 GHz, 8 GB de RAM, executando Wheezy 64 bits), leva até três horas! É exatamente o mesmo programa! (A propósito, eu uso o JDK 8 da Oracle nos dois computadores).

Pesquisando no Google eu encontreieste blog, que explica como habilitar "páginas grandes" no Linux... Tentei exatamente isso, mas o aumento de desempenho é mínimo. Antes de fazer algo de que possa me arrepender, gostaria de alguma orientação:

1. A ativação de "páginas grandes" realmente tem impacto na JVM (especificamente, os programas Java funcionam melhor)?
2. Existem outras opções de "ajuste" que posso usar para acelerar as coisas? (Como você pode ver acima, não é um problema de hardware, o desktop Debian literalmente voa quando eu executo alguma outra coisa complexa... mas os programas Java estão simplesmente se arrastando... e eu gostaria de não ter que reescrevê-los em algum outro linguagem)

desde já, obrigado