Eu mantenho os principais arquivos de configuração em um repositório git público - gostaria de colocar minha configuração do skype nele também, porque acho a configuração padrão muito barulhenta. A versão mais recente começou a pausar a reprodução de vídeos no VLC.
Além das notificações, há um monte de coisas que altero para torná-las menos intrusivas - está ficando chato definir essas configurações em cada cliente e mantê-las sincronizadas.
O ~/.Skype/config.xml parece conter muitos dados privados e que não podem ser hospedados em um espaço público.
Quais são minhas opções
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O que eu provavelmente faria:
Escreva um script (usandoxshou uma ferramenta semelhante) para extrair as partes privadas para um arquivo XML diferente.
Escreva um script para mesclar as partes extraídas de volta.
Publique o XML removido e ambos os scripts.