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Problemas ao instalar o alinhador Burrows-Wheeler (Linux)

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Problemas ao instalar o alinhador Burrows-Wheeler (Linux)

Por favor, tenha paciência, estou começando a usar máquinas virtuais e Linux.

Estou tendo problemas para instalar o BWA (link) na minha máquina virtual Linux. Eu tentei vários métodos, as instruções mais completas que encontrei são do departamento médico emCornell, mas provavelmente estou entendendo mal o que eles querem que eu faça.

Baixei a versão mais recente 0.7.9a do sourceforge e movi-a para uma pasta em meu diretório pessoal. O caminho para o arquivo é:

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

Em seguida, descompactei o arquivo:

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

e então descompacte o arquivo:

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

Então entrei no novo diretório que criei:

cd bwa-0.7.9a

Eu então usei o "comando make"

make

É aqui que eu fico preso:

O terminal imprime este erro:

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

Não tenho certeza de como lidar com esse erro. Vocês poderiam fornecer alguma ideia sobre o que precisa ser feito?

Tenho uma segunda pergunta referente aos próximos passos nas instruções fornecidas pelo site da Cornell. Ele lê,

"Adicione bwa ao seu PATH editando ~/.bashrc e adicionando

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

Localizei .bashrc em meu diretório inicial (posso visualizá-lo usando ls -a na linha de comando ou usando ctrl+h no explorer). Não tenho certeza de como editar o arquivo para incluir a linha de código apropriada, ou seja, basta colá-lo em qualquer lugar do arquivo?

Eu interpretei suas instruções como significando que eu deveria acrescentar algo nos moldes de

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

Mas não tenho certeza se isso está correto.

Instalei uma versão muito anterior (0.5) por meio do seguinte comando.

get-apt install bwa

mas não quero usar uma versão desatualizada deste programa.

Qualquer ajuda que vocês pudessem me dar seria muito apreciada.

Obrigado,

Sistema operacional da máquina host: Windows 7 Home Premium (64 bits) (Service Pack 1)
Software da máquina virtual: Oracle VirtualBox versão 4.3.12
Sistema operacional da máquina convidada: Ubuntu 14.02 (32 bits (não consegui fazer o 64 bits funcionar)

Responder1

Parece que estão faltando os arquivos de cabeçalho ZLIB.

Tentar:

sudo apt-get install zlib1g-dev

Ou talvez:

sudo apt-get install zlib-dev

O primeiro deve ser o correto, mas não tenho uma máquina Ubuntu para testá-lo.

Espero que isso resolva seu problema!

EDITAR
Criei uma VM Ubuntu e verifiquei issosudo apt-get install zlib1g-devé o comando correto.

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