O Windows tem muitos motivos diferentes pelos quais pode ativar um sistema... o maior que me vem à mente são as tarefas do Windows Update... mas minha pergunta é como isso é possível quando (pelo menos no meu entendimento) um computador hibernado está efetivamente o mesmo que estar desligado, mas com sua memória despejada no armazenamento secundário. Como um computador cuja CPU não está funcionando pode executar um comando do sistema operacional?
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O Windows acorda em horários designados ou com intervenção externa. Ele não acorda sozinho. Quando você diz ao Windows para ativar o Windows Update, ele apenas acorda no horário especificado, verifica as atualizações, instala-as se houver novas atualizações e depois dorme novamente. Não é como se "o Windows estivesse constantemente pesquisando o Windows Update no modo de suspensão".
Para a tarefa de acordar em horário determinado, ou com entrada externa, não é um recurso do Windows. Isso é feito pela placa-mãe do seu computador, no nível do hardware. Todas as placas-mãe do mercado suportam um padrão de gerenciamento de energia que permite colocar o computador em hibernação e despertarcomo descrito aqui.