Pergunto isso porque há muitos anos ouvi uma coisa dessas. Eu tenho um disco rígido de 900 GB e estou com cerca de 40 GB de espaço livre. Isso é ruim, prejudicará a saúde da unidade ou prejudicará o desempenho do meu sistema?
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Dentro de qualquer disco rígido (não SSD) há vários discos girando no mesmo eixo e um conjunto de braços que cabem entre os discos. Na ponta de cada braço há uma cabeça que lê os dados do disco. Os braços balançam para frente e para trás de tal forma que as cabeças podem alcançar todos os pontos dos discos.
Quando o disco não está muito cheio, os braços só precisam se mover através de uma pequena porção do raio do disco. Em média, as leituras acontecerão mais rapidamente do que se tivessem que se mover por todo o disco, o que ocorre quando o disco está quase no limite da capacidade.
Encher o disco rígido não deve prejudicá-lo de forma alguma, mas, como mencionado acima, tenderá a torná-lo mais lento.
Se a velocidade for uma preocupação, você também pode considerar desfragmentar sua unidade (esta páginatem instruções para Windows). A desfragmentação move itens do disco de uma forma que melhora o desempenho, sem perder nenhum dado.
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Eu uso um SSD de 256 GB (embora eu suponha que você esteja usando um disco rígido mecânico, já que ele tem 900 GB, o que pode funcionar de maneira um pouco diferente) e posso atestar que sempre que fiquei com pouco espaço (geralmente abaixo de 20 GB ou mais) meu computador desacelerou visivelmente. Quando movi recentemente alguns arquivos (no valor de aproximadamente 40 GB) para um disco rígido externo, o desempenho voltou ao normal. (Não desinstalei nenhum programa nem fiz qualquer outra coisa que pudesse ter aumentado o desempenho. Portanto, estava apenas liberando espaço no disco rígido.) Portanto, esse efeito é verdadeiro até mesmo para SSDs.
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Isso não prejudicará sua direção, mas causará lentidão e outros desgastes, pois tem muito o que fazer. Conforme mencionado em outra resposta, o chefe terá que buscar cada vez mais, pois os arquivos não são armazenados de forma contígua.
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Não prejudicará diretamente o desempenho. Mas se a sua unidade estiver quase cheia, ela dividirá os arquivos em mais fragmentos e, portanto, o desempenho do disco será prejudicado. Você pode contornar isso desfragmentando com mais frequência. Mas esse é um processo muito intenso para o disco; se for antigo, a possibilidade de falhar é muito maior (de acordo com um estudo do Google).