Quando entro na minha página de configurações, posso obter todos os dados sobre o que o Firefox está usando. Posso acessar o github, baixar pacotes como zips, etc.
Mas quando uso o terminal para fazer git clone ou ssh, os comandos falham. Eu imagino que fazer com que comandos bash simples passem pelo mesmo proxy que o Firefox está usando deveria sermaissimples, mas não consigo descobrir.
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Se você estiver no Linux, tente configurar HTTP_PROXY=somehost:port que é usado pela maioria dos programas. Infelizmente, já faz um tempo desde a última vez que usei um proxy para tentar. Também depende do programa específico que você gostaria de usar, se bem me lembro, o wget tem uma configuração um pouco diferente. E o Java também.