A rede da minha universidade é péssima (cerca de 1 Mb/s de queda) e tem muita atividade, então arquivos grandes geralmente ficam corrompidos quando tento baixá-los. Tentei baixar o mesmo arquivo de 2,8 GB várias vezes, sem sucesso, e também tive dificuldades com arquivos menores.
Observe que minha universidade bloqueia a porta usada para torrents e também gostaria de uma solução para downloads diretos.
Existe alguma maneira de salvar partes não danificadas do arquivo cada vez que tento baixá-lo e, depois de ter todas as partes após vários downloads, colocá-las todas juntas?
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Você pode usar gerenciadores de download onde ele dividirá o download do arquivo e também fornecerá onde restam opções para download do arquivo.
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Mesmo nessas condições (baixa largura de banda e alta atividade), não há razão para que seus arquivos sejam corrompidos. Provavelmente isso está acontecendo devido a uma configuração incorreta nas propriedades do protocolo em sua máquina ou no roteamento.
A melhor opção que você tem é usar um gerenciador de downloads, como refere Vembu, porém mesmo isso não é garantia de integridade.
Você pode, no entanto, alterar a porta que seu cliente BitTorrent usa. Mas eles provavelmente estão bloqueando o protocolo BitTorrent diretamente através da análise de conteúdo, e não da porta, o que pode ser evitado usando um túnel.