Instalei o Cubian em um cartão SD e o uso para executar um Cubieboard que funciona perfeitamente, mas agora, quando conecto o cartão SD a um sistema de janela para fazer cópias, o Windows diz que o cartão não está formatado e precisa de formatação. Existe uma razão pela qual o Windows está dizendo que não está formatado, mas pode inicializar um sistema operacional perfeitamente no Cuebieboard?
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Isso ocorre porque o Windows não consegue ler o sistema de arquivos no cartão. O Windows só pode ler sistemas de arquivos FAT, NTFS, exFAT e Live File System. O Linux, por outro lado, é capaz de ler perfeitamente o sistema de arquivos do seu cartão, sistemas de arquivos do Windows e outros (Linux ftw).
Presumo que o sistema de arquivos da sua placa seja ext*, então você pode usaressepara instalar um driver para sistemas de arquivos ext2,3,4 para que você possa ler e gravar neles (por sua conta e risco).