Abrir programas através do menu 'Application Launcher' e selecionar o programa funciona.
Usar o inicializador gerado no painel, por exemplo, clicando com o botão direito em um programa aberto e selecionando 'Mostrar um inicializador quando não estiver em execução' coloca um arquivo .desktop que é aberto com a extensão kate.
xdg-mime query filetype /opt/kde/share/applications/org.kde.dolphin.desktop
retorna text/plain, assim como o mesmo comando para
/opt/kde/share/applications/org.kde.rekonq.desktopetc.
xdg-mime query default text/plainem seguida, retorna org.kde.kate.desktop, explicando por que os arquivos estão sendo abertos por kate.
Presumivelmente, o problema aqui é que o tipo MIME dos *.desktoparquivos deve ser diferente de text/plain. O que deveria ser? Existe uma maneira simples de verificar/descobrir/alterar isso?
Nota: KDE-5, Plasma-5, (C)LFS, instalações de código-fonte, etc.
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Executar update-mime-databaserepetidamente com , /opt/kde/share/mimeresolveu esse problema./opt/gnome/share/mime/usr/share/mime
Como foi mencionado pelo Firelord em um comentário, o tipo ao qual os *.desktoparquivos foram atribuídos após esta operação foi application/x-desktop. Suspeito que é provável que definir manualmente isso como tipo MIME seja suficiente para resolver o problema.
Para quem mais tarde vir este post, caso seja útil:
Em notícias relacionadas (à solução, mas não à questão original), isso também me deixa um passo mais perto de fazer rekonqdownload de arquivos.