Eu tenho um SSD com ~ 125 GB formatado e afirma que ~ 99 GB foram consumidos. Ele vem consumindo espaço de armazenamento rapidamente há semanas. Encontrei muitos casos de consumo inexplicável de SSD online, mas nenhum deles parecia ter minha resposta.
O diretório do meu usuário foi movido corretamente para outro HDD com uma junção para que nenhum armazenamento normal de dados seja feito no SSD. Windowse Program Filesainda estão presentes.
No entanto, o estranho é que tenho apenas 46 GB de dados na unidade, conforme confirmado pelas listagens da árvore de diretórios e pelo Total Commander visualizando arquivos ocultos e de sistema.
WinDirStat, inspeção manual e qualquer outra ferramenta de análise de consumo de armazenamento relatam 46 GB de dados na unidade quando iniciados a partir de uma cópia do Windows em execução no SSD. 
Esta é uma grande discrepância em relação aos ~99GB consumidos. Onde está todo o meu espaço livre?
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Se você não executou o WinDirStat como administrador, ele só poderá relatar o espaço usado pelos arquivos que tem permissão para ver.
Execute-o novamente como administrador e ele deverá começar a mostrar a imagem total de onde o espaço foi.
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Então, o que está ocupando todo esse espaço? Restauração do sistema. Consegui determinar isso carregando a unidade através de outro computador e visualizando arquivos ocultos/de sistema.
No meu caso, a Restauração do Sistema estava atualmente configurada para consumir 50% do espaço de armazenamento da unidade, portanto, esta enorme pasta System Volume Information. Para reconfigurar,[Clique com o botão direito] Computador -> Propriedades -> Proteção do Sistema(na direita)--> Configurar 
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WinDirStat não relata pastas pertencentes ao usuário SYSTEM. No meu caso eu tinha uma pasta de 32 Gb C:\Sysmon, não acessível ao usuário administrador e não informada pelo WinDirStat.
Use outra ferramenta como o SpaceSniffer, que também pode verificar pastas pertencentes ao usuário SYSTEM.
Se você acessar uma pasta pertencente ao usuário SYSTEM, será necessário reinicializar o Windows no modo de recuperação e usar o modo de linha de comando ou também usar o WindowsPE.
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No meu caso, a unidade está no formato exFAT, onde os arquivos podem ocupar muito mais espaço do que seu tamanho real. O espaço livre que falta está no final dos grandes blocos do disco para muitos arquivos pequenos.
O Windows relata que o disco está quase cheio:6,14 GB livres de 119 GB
WinDirStat relata que apenas16,8 GB são usadospara todo o disco.
As propriedades do diretório do Windows mostram os doissoma dos tamanhos dos arquivos (3,07 GB) e do uso do disco (16,5 GB)para um dos diretórios. WinDirStat relata 3,1 GB para este diretório.
O utilitário unix du (uso de disco) (no MINGW64, Git Bash no meu caso) mostra o uso real do disco, incluindo o espaço vazio no final dos arquivos:saída do comando "du -sh", 17 GB para o diretório em questão.
