Usei o XMedia Recode para fazer isso e funciona muito bem. Defino o vídeo para "copiar", o áudio para "converter" e leva 2 minutos para um arquivo de 2 GB. Porém, há dois problemas com o trabalho em lote. Ele não detecta arquivos em subpastas e você deve especificar a taxa de bits do áudio.
Eu gostaria de poder converter tudo em Z:\Videos, herdar a taxa de bits do áudio e colocar o arquivo chamado "(arquivo original)-convertido" na pasta original. Isso é possível, talvez usando ffmpeg? Executando o Windows 8.1.