Editar: eventualmente resolvi o problema com o EasyBCD.
Recentemente, tive problemas ao inicializar devido a ajustes na partição reservada do sistema e tive que instalar um segundo Windows 7 no HDD para inicializar e consertar a partição reservada do sistema. O W7 original está no SSD e tudo está funcionando bem, se eu abrir o msconfig a aba de boot me diz que só tenho um sistema operacional, mas a pasta windows no HDD está clara como a noite.
Agora estou preparando uma criptografia completa de disco, ele me perguntou se sou de inicialização única ou de inicialização dupla. Presumo que clicar em inicialização única funcionará bem, mas este é um bom momento para se livrar das segundas janelas.
Já vi soluções online onde a formatação do HDD faz parte da solução, não tenho recursos para fazer backup de 1 TB. Quais são minhas opções?
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1) Abra o disco rígido no Windows Explorer
2) Conceda permissões para as pastas que deseja excluir
3) Exclua as pastas
Não é tão difícil...
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Experimente isso. Abra "executar" e digite msconfig. Vá ao menu chamado “boot” e selecione uma das cópias da janela que deseja excluir. Espero que ajude ;)