Existe uma declaração CSS userChrome.css que pode ser usada para alterar o favicon padrão no Firefox, especificamente para a Biblioteca de Favoritos e a Barra Lateral de Favoritos?
Alterá-lo na barra de ferramentas de favoritos e no menu pop-up é trivial. Eu não estou interessado nisso.
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Melhor do que alterar manualmente o ícone, eu usoIdentFacvIcon. Este complemento cria novos ícones para sites que não possuem os seus próprios, ajudando a distinguir os atalhos com mais facilidade.