Meses atrás, segui estas etapas e coloquei a área de transferência compartilhada funcionando: https://superuser.com/a/42140
Agora, não desliguei minha VM por vários dias, apenas salvei o estado atual. Desliguei e liguei e agora a área de transferência compartilhada não está funcionando.
Estou executando o CentOS 6.5, se isso ajudar.
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Se você atualizou seu kernel CentOS, provavelmente precisará reinstalar o VBox Guest Additions. Ao fazer isso, eu também atualizaria o VirtualBox para a versão mais recente e obteria o ISO de adições de convidados mais recente. Em seguida, monte o ISO no CentOS e execute o instalador como root. Depois de tudo isso você pode ativar sua área de transferência compartilhada.