Cada vendedor ou "especialista" em informática que encontrei desaconselhou fazer uma combinação como esta, mas comprei uma GTX 560 e uma AMD FX-6100 e elas funcionaram bem por 5 anos até agora. Existe algum prejuízo real nisso?
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Não, não há prejuízo em usar um processador AMD (CPU) com uma GPU Nvidia. Como Ramhound mencionou em seu comentário, existem padrões para intercomunicação entre dispositivos.
Vocêpoderiaenfrentar problemas relacionados ao driver ao usar 2 diferentesGPUno mesmo computador, em alguns casos.