Se eu tiver um domínio, digamos example.com no GoDaddy, e um servidor dedicado, digamos, 123.123.123.123.
Criei 2 registros em meu servidor nomeado dentro de minha máquina dedicada dizendo para apontar ns1.example.com e ns2.example.com para seu próprio IP (123.123.123.123), também o mesmo para example.com.
Agora, no GoDaddy, defino os servidores de nomes example.com como ns1.example.com e ns2.example.com.
Acontece que minha máquina dedicada sabe para onde apontar ns1, ns2 e example.com (para si mesma), mas como os outros servidores DNS sabem que todos apontam para aquele IP? Talvez eles pudessem perguntar em algum lugar para onde apontar example.com e naquele servidor pedir ns1 e ns2, mas não sei como "espalhar" que example.com, ns1 e ns2 tem que apontar para meu IP. O nomeado faz isso automaticamente, espalhando-o para outros servidores DNS?
EDIT: Uma edição mínima. Eu configurei ns1.example.com e ns2.example.com como servidores de nomes no GoDaddy, então quando um servidor DNS for solicitado para example.com, ele olhará para GoDaddy e saberá que os servidores de nomes são ns1 e ns2, mas, como eles sabem que precisam investigar o GoDaddy? (Acho que esta é a mesma pergunta de antes...)
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Seu registrador modificará o registro mestre para essedomínio de nível superior.
Quando uma consulta DNS é feita para o seu domínio, os servidores DNS encaminharão a consulta para cima até que a solicitação chegue a um servidor DNS com informações em cache ou ao registro mestre. Qualquer informação armazenada em cache pode estar obsoleta, então você precisa aguardar oTTLexpirar antes que as novas informações sejam solicitadas (é por isso que leva cerca de 72 horas para que suas alterações sejam refletidas).
Veja também -DNS: servidor de nomes recursivo e de cache[wikipedia]