É possível criptografar pastas pessoais de usuários em um sistema Linux (digamos, Debian) de tal forma que o root não possa ver seu conteúdo?
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Nada impede que o root subverta os serviços com os quais o usuário está interagindo para roubar suas chaves na próxima utilização.
Portanto, qualquer solução é, na melhor das hipóteses, temporária.