ISOfoi projetado para armazenar dados em um formato pronto para ser gravado em mídia óptica. Hoje, o ISO é comumente usado para distribuir imagens inicializáveis para pen drives, bem como imagens de várias distribuições de software que ainda são projetadas para serem graváveis em mídia óptica. ISO é limitado em suas capacidades de imaginação, não sendo projetado para armazenar imagens de disco completas e adequadas.
As alternativas mais próximas que consegui pensar são os formatos de arquivo de disco virtual, mas sua abertura é altamente discutível e não os vejo amplamente usados fora do software de virtualização. Parece que, durante décadas,formatos novos e muitas vezes fechadosforam criados junto com vários novos softwares relacionados à imaginação de disco.
Editar: en.wikipedia.org/wiki/ISO_9660#Limitations (não tenho permissão para postar como link) para aqueles que solicitaram mais informações sobre as limitações da ISO. Observe que não estou criticando o ISO por não funcionar como um formato geral de imagem de disco, uma vez que nunca foi projetado para essa finalidade.
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Basta usar um disco esparso genérico feito com dd. Você pode montá-lo nativamente no Linux (e com software de terceiros no Windows). Você não pode obter nada mais aberto do que uma imagem descompactada e perfeita de um disco.