Quando minimizo um programa em tela cheia, o que faço com a tecla Windows em vez de alt-tab, às vezes os ícones dos meus programas encaixados ficam bagunçados e têm o ícone de um programa diferente no dock.
Fiz uma captura de tela mostrando o problema, o programa com 2 instâncias abertas é na verdade o Chrome e não o Spotify:
Às vezes, minimizar novamente um programa em tela cheia resolverá o problema, às vezes, apenas recriará o problema de uma maneira diferente. Parece bastante aleatório quando isso acontece e também pode acontecer quando programas em tela cheia travam.