Quero classificar meu arquivo pela primeira coluna, mas preciso começar a classificar a partir de 5 caracteres. Como eu posso fazer isso?
Meu arquivo:
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTGAA" 1
"TTTTCTTGCT" 1 1 1
"TTTTCTTTAA" 1
"TTTTCTTTAG" 1 1
"TTTTCTTTCT" 1
"TTTTCTTTGC" 1
"TTTTCTTTGG" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1
"TTTTCTTTTA" 1
Eu estava tentando:
sort -k1,1 file | uniq -s 6 -w 5
Claro, isso não funciona. Mayby sort tem algumas bandeiras, mas não as encontrei. Você tem alguma ideia?
Responder1
dr.
sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5
Explicação
Meu tipo é GNU coreutils 8.22. A página de manual do meu tipo mostra:
KEYDEF is F[.C][OPTS][,F[.C][OPTS]] for start and stop position, where F is a field number and C
a character position in the field; both are origin 1, and the stop position defaults to the
line's end.
Portanto, com seu comando de classificação atual, sort -k1,1 fileuse a primeira palavra da primeira palavra como classificação.
O que você quer é (pelo menos para o comando sort):
sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5
Isso usará o quinto caractere da primeira palavra, que é o que você queria.
Responder2
$ classificar -k2 arquivo
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTGAA" 1
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTTAG" 1 1
"TTTTCTTTGG" 1 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTTAA" 1
"TTTTCTTTCT" 1
"TTTTCTTTGC" 1
"TTTTCTTTTA" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTGCT" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1
arquivo $sort -k2 | único -f 1
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1