No Chrome 53, os alertas pop-up não aparecem.
Eu testei com versões de 48 a 53 (obtidas deaqui) e concluiu que era o Chrome 53 que tinha esse problema.
Eu também testei com perfil novo.
O Chrome 53 vem com UI de Material Design que pensei que estava causando isso, masdesabilitando-onão ajudou.
Aqui está um vídeo. Na aba do console eu digito um simples alert('hi')e aperto enter e ele não aparece. Está lá, mas não está visível porque tira o controle e não consigo mais digitar na aba do console. Continuo clicando (não mostrado no vídeo) e finalmente consigo fazer com que o pop-up (invisível) desapareça, clicando Escapeno ponto em que posso digitar novamente:
Alguém mais está passando por isso?
PS: O mesmo acontece com o pop-up Perfil que vem no botão no canto superior direito.
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Comecei a ver o mesmo comportamento há um ou dois meses e finalmente encontrei uma solução para isso hoje. Parece haver algum problema com o driver de vídeo ou com o uso da aceleração DirectX pelo Chrome.
Você pode corrigir o problema desativando "Usar aceleração de hardware quando disponível" e reiniciando o Chrome.
Também vou tentar atualizar meu driver de vídeo para ver se isso ajuda, mas se não, a solução alternativa acima parece funcionar perfeitamente para mim.