Estou usando algo como truecrypt agora para armazenar todas as minhas senhas de login. Ele abre na inicialização e é montado como uma letra de unidade, assim como o Truecrypt. Agora, se eu posso ver todos esses arquivos com meu gerenciador de arquivos, um vírus ou outro scanner não pode simplesmente acessar qualquer unidade como o gerenciador de arquivos e ler tudo com facilidade? E quanto ao bit locker ou truecrypt usado para criptografar toda a unidade, claro que a unidade está criptografada, mas a pessoa que usa o computador pode ver tudo, mas um vírus não, por quê?
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O malware executado no mesmo contexto que o usuário pode fazer exatamente as mesmas coisas que o usuário pode. Mas o malware normalmente tentará obter acesso total ao sistema de qualquer maneira.
A criptografia não protegerá seus dados, porque mesmo que algo não esteja carregado/pronto para ser descriptografado, ainda poderá ser destruído.
É por isso que os backups offline (ou seja, separação física) são importantes. Você não pode confiar 100% no software e esperar estar seguro, não importa o que faça.
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Claro que é, se você montar uma unidade criptografada, ela será exposta da mesma forma que uma unidade normal e não criptografada. Tudo o que você pode acessar é o mesmo disponível para todos os programas, incluindo vírus. Não importa qual contêiner de criptografia você está usando (truecrypt (que por sinal foi abandonado) veracrypt (fork compatível com truecrypt) ou qualquer outra coisa)
Como sobre "por quê?" - porque tudo o que você pode fazer no seu computador pode ser feito programaticamente