
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esse "recurso" é conhecido há muito tempo, na verdade houve um relatório de bug/solicitação de recurso em algum lugar, mas não consegui mais encontrá-lo.
O melhor que você pode fazer agora é marcar a opção "borda rebaixada" em janelas -> aparência (onde você também pode definir o espaço entre o texto e a borda da janela). Isso lhe dá uma lacuna de talvez 3px:
esquerda: tela cheia sem borda rebaixada
direita: tela inteira com borda afundada
enquanto isso, você pode enviar uma solicitação de recurso ao desenvolvedor: http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/wishlist/
(caso você esteja confuso sobre "KiTTY" no título da janela, o KiTTY é um putty fork com armazenamento de sessão local em vez de registro, o que o torna portátil e fácil de fazer backup)