No PhpStorm 2016.3 no Ubuntu, as fontes no IDE renderizam perfeitamente, mas na nova versão 2017.1 agora parece ruim novamente.
Como faço para que as fontes tenham uma boa aparência novamente?
Solução para mim: Copiei a pasta jre do antigo PhpStorm no diretório externo e configurei a nova versão do Ide com este jre.
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Solução (da pergunta original):
... copiou a pasta jre do antigo PhpStorm no diretório externo e configurou a nova versão do IDE com este jre.