Acho que isso é principalmente uma coisa do Windows, mas por que alguns programas precisam ser instalados para funcionar corretamente e depois desinstalados para serem removidos, enquanto outros vêm apenas como arquivos executáveis que podem ser executados e excluídos de forma independente?
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Quando um programador usa uma função que não é nativa do Windows, mas requer uma DLL compartilhada, por exemplo, algum tipo de estrutura, o programa precisa ser instalado para garantir que todas as DLLs compartilhadas sejam colocadas no local correto.
A desinstalação faz a mesma coisa, verá se as DLLs compartilhadas usadas pelo programa são usadas por outros programas e, se não, removerá as DLLs compartilhadas.
As DLLs compartilhadas geralmente são colocadas na pasta C:\Windows\System32 (ou syswow64 respectivamente).
Às vezes, um programador deseja apenas incluir um instalador para colocar atalhos automaticamente no menu Iniciar e/ou na área de trabalho, enquanto o programa em si não usa DLLs compartilhadas.
Por último, algumas linguagens de programação compilam código de script em um executável e usam determinadas bibliotecas. Visual Basic é uma forma dessa linguagem. Nesses casos, você precisa agrupar um conjunto de DLLs com seu programa para garantir que funcionem corretamente. Copiar o executável ainda pode funcionar se essas DLLs compartilhadas já estiverem presentes no sistema, mas se não estiverem, o usuário receberá um erro alegando que perdeu um determinado arquivo, por exemplo: vbvm50.dll (tempo de execução do Visual Basic 5.0)