Não vejo sentido em negar permissões de controle total a uma pasta se alguém puder entrar e se tornar o proprietário da pasta e se permitir o controle total.
Eu testei isso negando permissões de controle total de uma pasta em um USB, depois conectei o USB em outro computador e, embora haja um aviso inicial dizendo que o acesso foi negado à pasta, levou apenas um minuto para entrar nas propriedades e assuma o controle de toda a pasta.
Há uma maneira de prevenir isto?
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Não há como fazer isso no seu pen drive, mas sim no sistema operacional dos computadores que vão acessar o pen drive. Observe que as permissões NTFS destinam-se a ambientes isolados e gerenciados, onde todos os usuários não possuem privilégios escalonados. No Windows, por exemplo, há uma política em:
Computer Configuration > Windows Settings > Security Settings> Local Policies > User Right Assignment
chamadoAssuma a propriedade de arquivos e pastaseAdministradoresgrupo recebe esse direito por padrão. Se você removerAdministradores, nenhum administrador poderá apropriar-se de arquivos e pastas sobre os quais não tenha permissão explícita. Mas, como você deve saber, é específico da máquina e acessar a unidade flash de outra máquina ainda permite que os administradores se apropriem dos arquivos e pastas nos quais eles não têm permissão explícita ou cujo acesso foi explicitamente negado.
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Existem várias maneiras de proteger uma pasta no disco USB. Todos os métodos usam uma senha.
Compacte a pasta usando zip ou 7-zip com uma senha.
Instale no disco a versão portátil do VeraCrypt e crie um arquivo protegido por senha que se pareça com outro disco (Tutorial para iniciantes).
Se estiver usando o Windows Professional ou Enterprise, você também terá acesso à criptografia integrada do Windows: BitLocker e a Criptografando o sistema de arquivos.