Posso alterar com êxito o interpretador Python ou virtualenv na GUI do PyCharm.
É possível atualizar o interpretador Python (ou virtualenv) na linha de comando?
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Se você quer dizer alterar o venv da sessão de terminal atual, há workon py3e source /path/to/venv/bin/activate.
Se você quer dizer alterar o venv de execução do pycharm a partir da linha de comando, provavelmente poderia reunir algumas funções de link simbólico que apenas alteram para qual venv um diretório vinculado está apontando.