Para contextualizar, na minha situação específica, tenho o Ubuntu 16.04 rodando/home em um disco rígido de 1 TB e/está em um SSD de 128 GB.
Eu sei que posso usar algo como o gparted para copiar minhas partições do SSD para o HDD, mas existe uma maneira de configurar algo semelhante a um trabalho de crony para fazer backup do meu SSD para uma partição do mesmo tamanho do SSD ou maior no HDD sem precisar desligar a máquina (talvez isso possa ser feito com dd)?
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Sim, dd é a ferramenta que você procura, se quiser fazer backup de todas as partições. O comando é bastante simples. O dispositivo if é sua partição / (provavelmente /dev/sda1), o of é sua partição de backup no HDD (no meu exemplo /dev/sdb2):
dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb2 bs=1M
Defina as partições que você realmente possui em seu sistema!
No entanto, como você está fazendo isso no sistema ativo, o backup não pode ser 100% confiável, pois o sistema pode gravar algo lá quando o backup for executado e essas informações não serão propagadas para a partição de backup. Em 99% isso não importa e o fsck deve recuperar o sistema de arquivos perfeitamente.
A outra opção pode ser rsync. E também deveria ser mais rápido. Mas, novamente, é um sistema de arquivos ativo...