Quais são os possíveis motivos pelos quais o usuário root recebe “Permissão negada” ao tentar ler ou gravar arquivos?

Quais são os possíveis motivos pelos quais o usuário root recebe “Permissão negada” ao tentar ler ou gravar arquivos?

Estou tentando atualizar um aplicativo usando um pacote RPM, mas recebo o erro:

cpio: failure to open file, Permission denied

O arquivo que ele tenta abrir está localizado /etc/rc.d/init.donde o root tem todas as permissões para o diretório, bem como para o próprio arquivo. Já tentei verificar se o arquivo é imutável, o SELinux está em modo permissivo. Estou sem ideias, então quais são as outras razões pelas quais o root não teria permissão para acessar arquivos?

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