Eu tenho o seguinte código que extrai números de arquivos netcdf e cada loop os coloca em outro arquivo netcdf.
mapfile Latitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLatitude.txt) #tr is transform from to -s is squeeze. So look in the text files for all the spaces and replace them by newline '/n'
mapfile Longitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLongitude.txt)
echo "length of Lat is ${#Latitude[@]}"
echo "length of Lon is ${#Longitude[@]}"
outputNumber="$(ls -lq *_??????.nc | wc -l)"
echo "the number of output netcdf fles is ${outputNumber}"
valueI=`cat I.txt`
valueJ=`cat J.txt`
arrI=($valueI)
arrJ=($valueJ)
for ((i=1; i<=outputNumber; i++))
do
echo "geknoei$i.nc"
ncrcat -C -F -d nj_u,${arrJ[i]},${arrJ[i+1]} -d ni_u,${arrI[i]},${arrI[i+1]} -v vel_u *_??????.nc gekneoi$i.nc
done
Devido a problemas de espaço, tive que compactar os arquivos de entrada e esse código não funciona mais. Eu queria saber se eu poderia fazer um código que em um loop descompacte um arquivo (um de cada vez) extraia o que eu preciso e depois recompacte no final do loop.
Então, algo parecido com isso:
mapfile Latitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLatitude.txt) #tr is transform from to -s is search. So look in the text files for all the spaces and replace them by newline '/n'
mapfile Longitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLongitude.txt)
echo "length of Lat is ${#Latitude[@]}"
echo "length of Lon is ${#Longitude[@]}"
outputNumber="$(ls -lq *_??????.nc | wc -l)"
echo "the number of output netcdf fles is ${outputNumber}"
valueI=`cat I.txt`
valueJ=`cat J.txt`
arrI=($valueI)
arrJ=($valueJ)
for ((i=1; i<=outputNumber; i++))
do
echo "geknoei$i.nc"
gunzip *_??????.nc.gz
ncrcat -C -F -d nj_u,${arrJ[i]},${arrJ[i+1]} -d ni_u,${arrI[i]},${arrI[i+1]} -v vel_u *_??????.nc gekneoi$i.nc
gzip *_??????.nc
done
O problema é que isso descompacta todos os arquivos de uma vez, o que ocupará muito espaço. Se eu descompactar um arquivo por vez, meu código ncrcat não funcionará mais, pois ele extrai todos os arquivos .nc -unzipped- disponíveis.
Como faço para descompactar um arquivo .nc por vez enquanto faço a linha ncrcat -C -F -d nj_u,${arrJ[i]},${arrJ[i+1]} -d ni_u,${arrI[i]},${arrI[i+1]} -v vel_u *_??????.nc gekneoi$i.nc
funcionar?