Para sistemas de arquivos existem pedágios como du, ncdu, ou baobab. Existe algo assim para caixas de correio? Dessa forma, pude identificar rapidamente quais pastas ocupam mais espaço em disco.
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Essas ferramentas podem realmente ser usadas. Meu cliente de e-mail - evolução - armazena seu cache local em ~/.cache/evolution/mail/<some mailbox ID>/folders/. Lá as pastas têm nomes em texto não criptografado e podem ser analisadas, por exemplo, com ncdu.