Tive um problema com meu VPS há uma semana e tive que reinstalá-lo completamente para que funcionasse. Funcionou, mas só por um tempo.
Estava tudo bem até agora, realmente não sei qual é o problema.
O log de erros do mysql contém erros sobre maxrequestworkers, então aumentamos o máximo de trabalhadores, mas isso não adiantou nada, ainda em 100%.
Estou anexando uma imagem de top para que você possa ver o que está acontecendo:
aliás, estou no DEBIAN 8.
Há tela sem processo mysql, basta verificar a captura de tela.
CAPTURA DE TELA DO SINTONIZADOR MYSQL.
