Quais regras de htaccess REMOVERÃO o subdiretório que atende o site do URI (404, se incluído) e links internos?

Question

**VEJA ATUALIZAÇÃO ABAIXO*****

Meu site de domínio principal deve ser servido a partir de um subdiretório em meu servidor com o mesmo nome do domínio, então provavelmente será confuso ler este bloco confuso do meu webroot .htaccess:

<IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine on
  RewriteBase /

  # remove www
  RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.+)$
  RewriteRule ^.*$ %1 [NC,QSA,R=301]

  #RewriteCond %{ENV:REDIRECT_STATUS} . [OR]
  RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?my\-web\.agency$
  RewriteRule ^my-web.agency/ - [L,R=404]
  RewriteRule !^my-web.agency/ my-web.agency/%{REQUEST_URI} [NC,QSA]
</IfModule>

Eu estava trabalhando nisso há tanto tempo, alterando as regras e estruturando que essa confusão é o que estou fazendo atualmente.

O www. PERMANECE, então aquela parte para removê-lo é totalmente ineficaz.

A regra !^my-web.agency/ certamente atende o site de maneira eficaz. NO ENTANTO, minha seguinte tentativa de renderizar um 404 se o subdiretório estiver incluído no URI FALHA.

Por favor, me explique como esclarecer tudo isso. Estou tentando ler a documentação e aprender e descobrir, mas de alguma forma não consigo e já dediquei bastante tempo a isso, realmente preciso parar, por favor me ajude, serei sempre grato a aprenda e tome nota cuidadosa. Muito obrigado.

*****ATUALIZAÇÃO:** Agora eu tenho

# remove www, externally for consistent domains (successful)
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.+)$
RewriteRule .* http://[[percent]]1/$0 [NS,L,R=301,QSA]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?my\-web\.agency$
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^my-web.agency
RewriteRule ^(.*)$ - [R=404,L,NC]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?my\-web\.agency$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^my-web.agency
RewriteRule ^(.*)$ /my-web.agency/$1 [L,NC,QSA]

Isso efetivamente torna o www. desaparecer se for tentado. Mas todos os LINKS INTERNOS AINDA INCLUEM o subdiretório que deveria estar oculto (por exemplo, links internos lidos "http://my-web.agency/my-web.agency/somepage"), e acessar páginas com o subdiretório no URI ainda funciona; prefiro que retorne um 404.

DocumentRoot ou RewriteBase parecem ser soluções lógicas possíveis, se eu pudesse descobrir a implementação adequada. (O [[percent]]procedimento http:// na 1ª RewriteRule é permitir que ele passe pelo editor sem gerar um erro; simplesmente indica %.)