Consegui instalar o rJava executandoR CMD javareconf -e | tee javareconf.out
cat javareconf.out
Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_201
Java home path : /usr/lib/jvm/java-8-oracle
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/jar
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include/linux
detected JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include/linux -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-1SEA_D/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bash
Também instalei o pacote rJava de dentro do R ( install.packages("rJava")). E agora posso usar o rJava do R, mas não do RStudio.
Tentei alterar o LD_LIBRARY_PATH para incluir Java lib e depois instalar o rJava de dentro do RStudio, mas sem sucesso.export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server:$LD_LIBRARY_PATH"
O interessante é que se eu abrir o RStudio com sudo rstudio kill-allele funciona como no R, mas se eu abrir o RStudio clicando em um ícone no meu dock, recebo o seguinte erro:
> library(rJava)
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/home/kzkedzierska/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Tentei reinstalar o RStudio ( sudo apt purge rstudioe excluir manualmente os diretórios .rstudio deixados em meu diretório pessoal), mas isso não ajudou...
Alguma ideia do que posso fazer para corrigir isso?
EDITAR:
agora vejo que o problema é que o R CMD javareconf não alterou os caminhos do RStudio, a partir do log de instalação do rJava dentro do RStudio:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java'
archiver : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/jar'
compiler : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javac'
header prep.: ''
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/default-java/include -I/usr/lib/jvm/default-java/include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/default-java/lib/server -ljvm'
checking whether Java run-time works... ./configure: line 3766: /usr/lib/jvm/default-java/bin/java: No such file or directory
no
configure: error: Java interpreter '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java' does not work
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/kzkedzierska/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava’
alguma ideia de como mudar isso? Equivalente a correr R CMD javareconf -e, mas no Rstudio?
