Existe a possibilidade de clonar um disco rígido totalmente criptografado (com bootloader) (Truecrypt 7.1a) e de alguma forma obter uma cópia (binária) dos dados criptografados ou é simplesmente impossível acessar esse disco rígido, já que ele está totalmente criptografado?
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Sim, você pode clonar a unidade inteira usando algo que faça uma cópia em bits (dd no Linux, por exemplo). Os dados, é claro, também serão criptografados na cópia, então você ainda precisará desbloquear a unidade.
Aliás, o bootloader, se bem entendi (e tenho quase certeza que sim), não é criptografado.
Nada que você possa fazer no software pode impedir de forma confiável o acesso ao disco bruto (a menos que você possa danificar o disco, por exemplo, muitas gravações em um SSD ou programar os cabeçotes para bater na unidade)