Estou tentando instalar um pacote que inclui "bzlib.h" para poder instalar o software "AmberTools14"/"Amber14" em meu diretório pessoal em um servidor remoto, mas como não tenho acesso root, eu não é possível usar o comando yum install bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64para instalar este pacote. Qual é a maneira mais fácil de instalar este pacote e torná-lo acessível quando tento compilar/instalar o Amber14 usando compiladores Intel?
Não estou muito familiarizado com o funcionamento do software de compilação ou para que servem os pacotes em geral, então não tenho certeza se é possível ou faz sentido apenas baixar o arquivo rpm deste link (https://centos.pkgs.org/6/centos-x86_64/bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64.rpm.html) e, em seguida, usando o programa WinSCP no Windows, eu poderia transferi-lo para meu diretório inicial no servidor remoto, instalar o arquivo rpm de alguma forma para que o arquivo "bzlib.h" fosse instalado e, quando estiver compilando/instalando Amber14, eu poderia fornecer o caminho de onde o bzlib.h foi instalado em meu diretório inicial para que ele possa encontrá-lo? Isso faz algum sentido? E se sim, como eu instalaria o arquivo rpm depois de movê-lo com o WinSCP para o servidor remoto?
Executei alguns comandos para descobrir algumas informações sobre o sistema, caso isso seja útil.
Comando: Saída: Comando uname -s
Linux : Saída: 2.6.32-696.23.1.el6.centos.plus.x86_64 Comando: Saída: #1 SMP Qua 14 de março 11:51:06 UTC 2018 Comando: Saída: x86_64 Comando: Saída: Comando x86_64 : Saída: Comando x86_64 : Saída: GNU/Linuxuname -runame -vuname -muname -puname -iuname -o
Comando: gcc --version
Saída: gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18) Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc. Este é software livre; veja a fonte para condições de cópia. NÃO há garantia; nem mesmo para COMERCIALIZAÇÃO ou ADEQUAÇÃO A UM DETERMINADO FIM.
Comando: icc --version
Saída: icc (ICC) 16.0.2 20160204 Copyright (C) 1985-2016 Intel Corporation. Todos os direitos reservados.
A razão pela qual quero tentar instalar o pacote "bzlib.h" é porque tentei instalar o AmberTools14/Amber14 de acordo com as instruções neste link (http://jswails.wikidot.com/installing-amber14-and-ambertools14) exceto que usei o comando ./configure intelem vez de ./configure gnu, mas recebi o erro abaixo:
Verificando libbz2: testp.c (2): erro catastrófico: não é possível abrir
o arquivo de código-fonte "bzlib.h"
#include "bzlib.h"
^
compilação abortada para testp.c (código 4)
./configure2: linha 2079: ./ testp: Esse arquivo ou diretório
não foi encontrado.
Então, acho que minha instalação do software Amber14 acabou apresentando alguns problemas, e talvez a falta do bzlib.h possa ser parte do motivo pelo qual não consigo usar partes do software.
Além disso, como acho que estou usando o Centos 6, neste link com instruções sobre quais pacotes preciso instalar o Amber (http://ambermd.org/Installation.php), gostaria de saber se alguém poderia me dar alguns conselhos sobre como seguir as instruções abaixo para instalar todos esses pacotes sem acesso root ou usando "yum".
A instalação do Amber no CentOS 6 em um nó Linux do CentOS 6 é um pouco complicada, pois o compilador GNU padrão agora é muito antigo para compilar o código-fonte. O procedimento recomendado é instalar uma versão mais recente usando a coleção de software Developer Toolset (devtoolset).
yum -y instalar tcsh make \ which flex bison patch bc \ libXt-devel libXext-devel \ perl util-linux wget bzip2 \ bzip2-devel zlib-devel
# atualize para um gcc yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-8 mais recente e então, em seu terminal, acesse o compilador GNU mais recente usando:
fonte /opt/rh/devtoolset-8/enable
Vi um comentário neste link (https://askubuntu.com/questions/339/how-can-i-install-a-package-without-root-access) sobre a instalação de um programa chamado "JuJu" e talvez isso possa me ajudar a instalar todos os pacotes que preciso, mas estou muito confuso sobre como isso funciona e como instalar, pois ainda não entendo o significado dos termos kernel/distribution/package/library/compiler/rpm/dependencies/repository/environment e como eles se relacionam exatamente, então se alguém pudesse explicar isso, eu realmente apreciaria!