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Isso é normal, a versão 4.5 do .NET framework é construída sobre o existente.NET 4.0 CLR (Tempo de Execução de Linguagem Comum)e, portanto, não precisa de uma opção separada nas configurações do pool de aplicativos do IIS.
Dependendo do tipo de aplicativo que você está hospedando no IIS, você só precisa ter certeza de que ele foi criado na versão correta do .NET e que seu web.config está configurado corretamente.