Pelo que entendi, o mysql não é compatível com Python 3. Tentei vários métodos no Google para fazer o downgrade da minha versão do Python, como run
conda install python=2.7.12
Mas isso não funcionou. Preciso usar especificamente o mySQL enquanto estou tentando executar o RepeatModeler (ferramenta de bioinformática) para analisar alguns dados genômicos. Alguém pode ajudar com isso? Estou tentando resolver esse problema há algum tempo. Obrigado!
Responder1
Você não.
Python 2 e 3 são, na verdade, linguagens/tempos de execução diferentes
Se você chamar python, será python2, e se precisar de python 3, será python 3.
no Ubuntu 18.04 por exemplo
invocar python diretamente fornece
geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul 9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2
Enquanto python3
da-te
geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Basicamente, python 2 e 3 podem coexistir e coexistem. A menos que você precise de uma versão específica, nesse caso você pode querer algo como virtualenv. Configurar isso está um pouco fora do escopo da minha resposta
Quanto ao mysql
A instalação do metapacote do servidor mysql instala os seguintes pacotes
The following additional packages will be installed:
libcgi-fast-perl libcgi-pm-perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-perl
libhtml-template-perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7
Não há nenhum requisito para python para isso. Parece haver bibliotecas python e python 3 para mysql ... mas olhando parapágina do github do repetidor, parece baseado em Perl sem pré-requisitos de python.
Praticamente você está olhando para o problema da maneira errada.
Curiosamente, a página do github diz
AVISO: Há um pacote bioconda e um pacote docker flutuando, proporcionando um pacote RepeatModeler funcional. Nenhum dos dois funciona corretamente. Por enquanto, recomendamos instalar este programa conforme descrito abaixo.
Portanto, o problema pode estar em outro lugar - possivelmente com o repositório anaconda que você está usando.