Acho que é uma coisa do Chrome e não vem do site, pois não consigo ver esse ícone em DevTools/Application/Images
Se eu duplicar a guia, a guia duplicada terá o ícone padrão do github. Também não há erros no DevTools/Console
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O GitHub mostra uma cruz vermelha ou uma marca de seleção verde quando você visualiza uma página de pull request, dependendo se o PR é mesclável ou se falhou em algum teste de CI.
Os sites podem alterar dinamicamente seus favicons, e as páginas de pull request do GitHub recebem automaticamente atualizações ao vivo conforme os testes de CI são executados. É provável que a página não tivesse nenhum indicador inicialmente, mas o adicionou posteriormente usando JavaScript com base nessa atualização ao vivo.
Se você "duplicar" uma guia no Chrome, a nova guia será carregada usando os dados armazenados em cache conforme a página da web foioriginalmenterecuperado do servidor – mas não terá nenhuma atualização dinâmica baseada em JavaScript aplicada a ele.