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Como mover todos os arquivos com nomes começando com uma string de uma lista?

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Como mover todos os arquivos com nomes começando com uma string de uma lista?

Eu tenho um arquivo strings.txtcom uma lista de strings:

GCA_001677475.1
GCA_003410275.1
GCA_002310615.1
GCA_000007405.1
GCA_000219515.3

E tenho muitos arquivos em um diretório com nomes como:

GCA_000005845.2_ASM584v2_protein.faa
GCA_000006925.2_ASM692v2_protein.faa
GCA_000007405.1_ASM740v1_protein.faa
GCA_000007445.1_ASM744v1_protein.faa
GCA_000008865.2_ASM886v2_protein.faa
GCA_000009565.2_ASM956v1_protein.faa

Preciso mover apenas os arquivos cujos nomes começam com um padrão de strings.txt. Até agora tentei usar xargscom mv:

cat strings.txt | xargs -I % mv %*faa ./Data

Mas mvnão vê %*faacomo regex e tenta encontrar arquivos com esse nome exato (e é claro que não consegue encontrar nenhum). Eu também tentei usar ls, mas funciona da mesma maneira:

cat strings.txt | xargs -I {} ls {}*faa

Então, como posso fazer isso?

Responder1

xargs bash -O nullglob -c '
    for prefix do
        set -- "$prefix"*.faa
        [ "$#" -gt 0 ] && mv -- "$@" ./Data
    done' sh <strings.txt

Isso é usado xargspara fornecer as strings strings.txtpara um script em linha bashem lotes.

Para cada string, o script em linha bashtesta se há algum nome de arquivo que corresponda à string no diretório atual (adicionando *.faaao final para criar um padrão) e, em caso afirmativo, eles são movidos para o Datadiretório, que se presume já existir .

A nullglobopção shell é definida para o script in-line para garantir que, se o padrão construído nãonãocorresponder a qualquer coisa, o padrão será removido (em vez de retido sem expansão).

Estou testando explicitamente se o padrão corresponde porque há strings no seu exemplo que não correspondem a nenhum dos nomes de arquivo mostrados. Isso é feito definindo a lista de parâmetros posicionais como o resultado da expansão global e testando se o comprimento da lista ( $#) é maior que zero.

Obviamente, você também poderia ter feito isso sem xargsisso:

shopt -s nullglob

while IFS= read -r prefix; do
    set -- "$prefix"*.faa
    [ "$#" -gt 0 ] && mv -- "$@" ./Data
done <strings.txt

Isso ainda seriafalharse uma de suas strings de prefixo correspondesse a muitos milhares de nomes de arquivos (a mvlinha de comando ficaria muito longa). Se for esse o caso, você possivelmente usaria

shopt -s nullglob

while IFS= read -r prefix; do
    set -- "$prefix"*.faa
    if [ "$#" -gt 0 ]; then
        printf '%s\n' "$@" | xargs sh -c 'mv -- "$@" ./Data' sh
    fi
done <strings.txt

Isso pressupõe que nem as strings de prefixo nem os nomes de arquivos contenham novas linhas incorporadas.

Responder2

Esta é uma solução possível:

cat strings.txt | xargs -I '%' find . -type f -name "%*" -exec mv -t your_path {} +

Movido GCA_000007405.1_ASM740v1_protein.faaque é a única partida.

Responder3

Não há necessidade xargsnem nada complicado. Se todos os arquivos estiverem no mesmo diretório, será suficiente fazer:

$ while read string; do 
    mv "$string"_* ./Data; 
  done < strings.txt

Ou, se seus nomes puderem começar com a -ou se você tiver outros caracteres estranhos neles, use:

$ while read -r string; do 
    mv -- "$string"_* ./Data; 
  done < strings.txt

Responder4

Hack rápido e sujo:cat strings.txt| xargs -i sh -c 'mv {}* your/path/'>&/dev/null

Hack menos mais correto:export dir=$(ls -1); cat strings.txt| xargs -i sh -c 'grep "^{}" <<<$dir && mv {}* your/path'; dir=""

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