Como redirecionar arquivos de saída de um programa?

Como redirecionar arquivos de saída de um programa?

Tenho a seguinte distribuição de arquivos:

samuel@samuel-TM1607:~/Documents/Fisica/19-20/Radiactividad/Prácticas/Practicas-onteCarlo0/GAMMA/prueba$ ls ../
detector-1.in  GAMMA-Resultados  penmain-mac.x    prueba
detector.geo   NaI.mat           penmain-W32.exe
Fe.mat         penmain-linux.x   penmain-W64.exe

Quero executar o "penmain-linux.x" que precisa ler todos os outros arquivos que não são executáveis ​​e o ".in" como entrada. Quero que todos os arquivos de saída vão para a pasta "prueba".

Já tentei executá-lo em "prueba" da seguinte maneira:

samuel@samuel-TM1607:~/Documents/Fisica/19-20/Radiactividad/Prácticas/Practicas-onteCarlo0/GAMMA/prueba$ ../penmain-linux.x < ../detector-1.in

Mas eu entendo

   Initialising PENGEOM ...
At line 275 of file pengeom.f (unit = 15, file = 'detector.geo')
Fortran runtime error: End of file

o que eu acho que é porque os outros arquivos de entrada que o programa chama de dentro não estão na pasta "prueba".

Então, como posso fazer isso?

Agradeço antecipadamente!

EDIT: Se eu executar o programa como está, recebo todos os arquivos na mesma pasta da imagem:

Pasta depois de executá-la.

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